Al 31 dicembre 2019 l'entità del patrimonio archivistico ammontava a 177.519 pezzi cartacei, 1.190 pergamene, 1 codice membranaceo, 1756 mappe e documenti cartografici assimilabili, 19 unità di materiale audiovisivo. I vari fondi risultano ripartiti nelle seguenti sei sezioni: diplomatica, notarile, amministrativa, finanziaria, giudiziaria e degli archivi diversi. Nei casi in cui l'epoca della documentazione lo ha consentito, sono state inoltre operate ulteriori ideali scansioni cronologiche che, partendo dal periodo degli antichi regimi, interessano l'arco di tempo compreso tra il periodo francesce e l'Unità per poi giungere all'epoca post-unitaria.
Poichè capoluogo, sino agli anni venti del Novecento, di una provincia che, quanto a giurisdizione, si estendeva a comprendere anche i territori oggi appartenenti alle province di Brindisi e Taranto, l'Archivio di Stato di Lecce acquisì - sino alla scissione amministrative di queste ultime - una cospicua mole di documenti ad essi relativi concernenti processi e pratiche definiti da magistrature ed enti attivi in Lecce ovvero da Lecce dipendenti, ma non solo.
Questa circostanza è di singolare rilievo e merita di essere opportunamente rimarcata, giacchè i fondi archivistici conservati in Lecce sono di importanza fondamentale e, sovente, imprescindibile per tutti gli studiosi che intendano condurre ricerche e curare approfondimenti aventi ad oggetto dette aree. A tal proposito va riferito, invero, che laddove è stato possibile estrapolare dai diversi fondi intere serie archivistiche attinenti alle attuali province di Brindisi e Taranto, senza ricorrere a forzature di alcun tipo, si è provveduto a versarle nei rispettivi Archivi di Stato, che ne avevano avanzato formale richiesta, la qual cosa ha loro permesso di rimpinguare gli originari nuclei di documenti, che , datavano - in linea di massima - a tempi recenti, impreziosendone ed arricchendone le raccolte. Per l'Istituto archivistico leccese, al contrario, come è facile intuire, i trasferimenti in parola - avvenuti in più momenti, a decorrere dal 1959 e sino al 1997 - hanno implicato un depauperamento, ancorchè, nel complesso, quantitativamente poco rilevante, di taluni fra i fondi più antichi.
